この場所にマイクロアレイ実習に関するいろいろな情報を掲載していく予定です。
サンプル:HeLa細胞に下記siRNA(化学合成したもの)を導入して24時間後に回収したもの。
mockは核酸は加えずにトランスフェクション操作のみおこなったもの。
班 | サンプル | siRNA配列 | seed配列(2-8)と相補的な配列 UはTになおした |
---|---|---|---|
1班, 5班 | mock | なし | なし |
2班 | RNA | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 5′-GAGTTCA-3′ 5′-GTTGATG-3′ |
3班 | 2OMe3 | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
4班 | 2OMe5 | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
6班 | 2OMe7 | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
7班 | LNA3 | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
8班 | LNA7 | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
ハイブリ開始6/11 16:30、終了6/12 9:30。スライドの洗浄とスキャンは講師がおこなった(ビデオ参照)。
自分のパソコンでも解析できるようにデータを掲載しました。
ECCシステムからは、フォルダへ移動→「~sirna/Microarray/」(大文字小文字に注意)
サンプルとファイル名の対応(6/12スキャン):
ファイル名 | サンプル | 班 | 備考 |
---|---|---|---|
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_1.txt | mock-1 | 1班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_2.txt | RNA | 2班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_3.txt | 2OMe3 | 3班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_4.txt | 2OMe5 | 4班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_1.txt | mock-2 | 5班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_2.txt | 2OMe7 | 6班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_3.txt | LNA3 | 7班 | |
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_4.txt | LNA7 | 8班 |
GenBank - 塩基配列データベース
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide
入力した配列を3'UTRにもつ遺伝子(アクセッション番号)のリストを表示するページ
注意:siRNAのseed部分と相補的な「mRNA側の配列」を、UをTに変えて入力してください。
http://atlas.RNAi.jp/seedmatch/
質問があれば書き込んでください。
GeneSpringの調子が悪い場合の対処法
内藤雄樹 E-mail:y-naito(あ)dbcls.rois.ac.jp or twitter:@meso_cacase
(あ) は @ に置換のこと