課題
提出日:2015年 7月31日(金曜日)17時まで 提出場所は理学部3号館417号室
ただし、GeneSpring GXは6/30までしか使えないので注意すること。
total RNAを抽出後からアレイにハイブリダイゼーションするまでの実験の流れを簡潔に述べよ。
各自の班のサンプルについて、mRNAからcRNAへの増幅率を見積もれ。ただし、HeLa細胞におけるtotal RNA中のmRNAの割合は1%と仮定する。
マイクロアレイデータのノーマライゼーションは何のために行うか説明せよ。
6/12にスキャンした結果を用いて(以降の問でも同様)、mock(1班と5班の平均)対 RNA(2班)について以下のプロットを作成し、それぞれのプロット(グラフ)の縦軸、横軸の意味を説明せよ(注:グラフの軸の名称をしっかり示し、軸のスケールは適切な値を選ぶこと)。
mock(1班と5班の平均)対 RNA(2班)について、パッセンジャー鎖のseed(CAUCAAC)と相補的な配列(GTTGATG)をもつ遺伝子群においても、MAプロットと累積度数曲線を描画せよ。
mock(1班と5班の平均)対 2OMe3(3班)、mock(1班と5班の平均)対 2OMe5(4班)、mock(1班と5班の平均)対 2OMe7(6班)、mock(1班と5班の平均)対 LNA3(7班)、mock(1班と5班の平均)対 LNA7(8班)について、ガイド鎖とパッセンジャー鎖の累積度数曲線を作成せよ。
mock(1班と5班の平均)に対して、RNA(2班)、 2OMe3(3班)、2OMe5(4班)、 2OMe7(6班)、LNA3(7班)、LNA7(8班)サンプルでsiRNAが標的としているビメンチンmRNAの発現量が何%になったのかを、それぞれ求めよ。
2'OMe及びLNA修飾がsiRNAの熱力学的安定性(塩基対合力)に与える影響について、述べよ。
4から7の結果から読み取れること、及び考えられることを自由に述べよ。ただし、少なくとも以下の点については触れること。
発展課題
mock(1班と5班の平均)対 RNA(2班)のガイド鎖について以下の累積度数曲線を1つのグラフに描画し、seed(ガイド鎖の5'末端から数えて2から8塩基目)と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子群が最も抑制されていることを確認せよ。
全遺伝子の曲線
ガイド鎖の5'末端から数えて1から7塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
ガイド鎖の5'末端から数えて2から8塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
ガイド鎖の5'末端から数えて3から9塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
・・・・・・・
ガイド鎖の5'末端から数えて16から21塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
上記の解析を、化学修飾siRNAサンプルでも実施せよ。
最後に、マイクロアレイ実習の感想を書いてください。