2015年度生化・生物情報マイクロアレイ実習のページ

この場所にマイクロアレイ実習に関するいろいろな情報を掲載していく予定です。

プロトコル

microarray2015jikken.pdf | 実験（1日目〜3日目）
microarray2015kaiseki.pdf | データ解析（4日目〜6日目）

説明資料（内藤）

microarray2015.pdf | マイクロアレイ実習（解析編）
genedb2015.pdf | 遺伝子のデータベース基礎の基礎

サンプル概要、siRNA配列情報

サンプル：HeLa細胞に下記siRNA（化学合成したもの）を導入して24時間後に回収したもの。
mockは核酸は加えずにトランスフェクション操作のみおこなったもの。

班	サンプル	siRNA配列	seed配列(2-8)と相補的な配列 UはTになおした
1班, 5班	mock	なし	なし
2班	RNA	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	5′-GAGTTCA-3′ 5′-GTTGATG-3′
3班	2OMe3	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	同上
4班	2OMe5	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	同上
6班	2OMe7	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	同上
7班	LNA3	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	同上
8班	LNA7	5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′	同上

RNA濃度測定、バイオアナライザの結果

参考資料：4日目午前中、Washのようす

ハイブリ開始6/11 16:30、終了6/12 9:30。スライドの洗浄とスキャンは講師がおこなった（ビデオ参照）。

アレイデータファイル

自分のパソコンでも解析できるようにデータを掲載しました。

ECCシステムからは、フォルダへ移動→「~sirna/Microarray/」（大文字小文字に注意）

説明	画像 ZIP圧縮	数値化データ＋QCレポート ZIP圧縮
6/12スキャン画像（全班分）	439.1MB	106.8MB

サンプルとファイル名の対応（6/12スキャン）：

ファイル名	サンプル	班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_1.txt	mock-1	1班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_2.txt	RNA	2班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_3.txt	2OMe3	3班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_4.txt	2OMe5	4班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_1.txt	mock-2	5班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_2.txt	2OMe7	6班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_3.txt	LNA3	7班
US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_4.txt	LNA7	8班

Excelによるデータ解析

→ Excelによるデータ解析のページ

GeneSpring GXによるデータ解析

→ GeneSpring GXによるデータ解析のページ

Rによるデータ解析

→ Rによるデータ解析のページ

参考

GenBank - 塩基配列データベース
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide

入力した配列を3'UTRにもつ遺伝子（アクセッション番号）のリストを表示するページ
注意：siRNAのseed部分と相補的な「mRNA側の配列」を、UをTに変えて入力してください。
http://atlas.RNAi.jp/seedmatch/

課題

提出日：2015年 7月31日（金曜日）17時まで　提出場所は理学部3号館417号室

ただし、GeneSpring GXは6/30までしか使えないので注意すること。

→ 課題のページ

Q and A

質問があれば書き込んでください。

GeneSpringの調子が悪い場合の対処法

まずはディスク使用量を確認。
- 前に調べて十分に余裕があった場合でも油断は禁物。GeneSpringは容量がどんどん増えていく。
- 上限に達していない場合でもファイルを減らすとよいようです。
再起動してみる。

連絡先

内藤雄樹 E-mail:y-naito(あ)dbcls.rois.ac.jp or twitter:@meso_cacase
(あ) は @ に置換のこと

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