microarray2015

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 +====== 2015年度 生化・生物情報マイクロアレイ実習のページ ======
  
 +この場所にマイクロアレイ実習に関するいろいろな情報を掲載していく予定です。
 +
 +===== プロトコル =====
 +
 +  * {{::​microarray2015jikken.pdf|}} | 実験（1日目〜3日目）
 +  * {{::​microarray2015kaiseki.pdf|}} | データ解析（4日目〜6日目）
 +
 +===== 説明資料（内藤） =====
 +
 +  * {{::​microarray2015.pdf|}} | マイクロアレイ実習（解析編）
 +  * {{::​genedb2015.pdf|}} | 遺伝子のデータベース基礎の基礎
 +
 +===== サンプル概要、siRNA配列情報 =====
 +
 +サンプル：HeLa細胞に下記siRNA（化学合成したもの）を導入して24時間後に回収したもの。\\ mockは核酸は加えずにトランスフェクション操作のみおこなったもの。
 +
 +^ 班    ^ サンプル ^ siRNA配列 ^ seed配列(2-8)と相補的な配列\\ UはTになおした ^
 +|1班, 5班| mock | なし | なし |
 +|2班| RNA  | 5′-UUGAACUCGGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 5′-GAGTTCA-3′\\ 5′-GTTGATG-3′ |
 +|3班| 2OMe3 | 5′-UUG**AAC**UCGGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
 +|4班| 2OMe5 | 5′-UU**GAACU**CGGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
 +|6班| 2OMe7 | 5′-U**UGAACUC**GGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
 +|7班| LNA3  | 5′-UU**GAA**CUCGGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
 +|8班| LNA7  | 5′-U**UGAACUC**GGUGUUGAUGGCG-3′\\ 5′-CCAUCAACACCGAGUUCAAGA-3′ | 同上 |
 +
 +===== RNA濃度測定、バイオアナライザの結果 =====
 +
 +  * {{:​data:​20150609_rna_conc.pdf|total RNA濃度測定}} | 6/9(火)
 +  * {{:​data:​2100_expert_eukaryote_total_rna_nano_de72902096_2015-06-09_15-24-38.pdf|total RNA解析結果}} | 6/9(火)
 +  * {{:​data:​20150609_cy3_rna_conc.pdf|cRNA濃度測定}} | 6/11(木)
 +
 +===== 参考資料：4日目午前中、Washのようす =====
 +
 +ハイブリ開始6/​11 16:​30、終了6/​12 9:​30。スライドの洗浄とスキャンは講師がおこなった（ビデオ参照）。
 +
 +
 +
 +===== アレイデータファイル =====
 +
 +自分のパソコンでも解析できるようにデータを掲載しました。
 +
 +ECCシステムからは、フォルダへ移動→「~sirna/​Microarray/​」（大文字小文字に注意）
 +
 +^  説明 ​ ^  画像\\ ZIP圧縮 ​ ^  数値化データ＋QCレポート\\ ZIP圧縮 ​ ^
 +|6/​12スキャン画像（全班分）|{{:​data:​us91503671_253949442637_s01.tif.zip|439.1MB}}|{{:​data:​2015-06-12_txt_pdf.zip|106.8MB}}|
 +
 +
 +サンプルとファイル名の対応（6/​12スキャン）：
 +
 +^  ファイル名 ​ ^ サンプル ​ ^  班  ^  備考 ​ ^
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_1.txt|mock-1|1班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_2.txt|RNA ​  ​|2班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_3.txt|2OMe3 |3班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_1_4.txt|2OMe5 |4班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_1.txt|mock-2|5班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_2.txt|2OMe7 |6班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_3.txt|LNA3 ​ |7班| |
 +|US91503671_253949442637_S01_GE1_105_Dec08_2_4.txt|LNA7 ​ |8班| |
 +
 +===== Excelによるデータ解析 =====
 +
 +→ [[excel|Excelによるデータ解析のページ]]
 +
 +===== GeneSpring GXによるデータ解析 =====
 +
 +→ [[genespring|GeneSpring GXによるデータ解析のページ]]
 +
 +===== Rによるデータ解析 =====
 +
 +→ [[r|Rによるデータ解析のページ]]
 +
 +===== 参考 =====
 +
 +GenBank - 塩基配列データベース\\
 +http://​www.ncbi.nlm.nih.gov/​nucleotide
 +
 +入力した配列を3'​UTRにもつ遺伝子（アクセッション番号）のリストを表示するページ\\
 +**注意**：siRNAのseed部分と相補的な「mRNA側の配列」を、UをTに変えて入力してください。\\
 +http://​atlas.RNAi.jp/​seedmatch/​
 +
 +===== 課題 =====
 +
 +提出日：2015年 7月31日（金曜日）17時まで　提出場所は理学部3号館417号室
 +
 +ただし、GeneSpring GXは6/​30までしか使えないので注意すること。
 +
 +→ [[kadai|課題のページ]] ​
 +
 +
 +===== Q and A =====
 +
 +**質問があれば書き込んでください。**
 +
 +**GeneSpringの調子が悪い場合の対処法**
 +
 +  * まずは[[https://​secure.ecc.u-tokyo.ac.jp/​cgi-bin/​disk-usage.cgi|ディスク使用量を確認]]。
 +    * 前に調べて十分に余裕があった場合でも油断は禁物。GeneSpringは容量がどんどん増えていく。
 +    * 上限に達していない場合でもファイルを減らすとよいようです。
 +  * 再起動してみる。
 +
 +===== 連絡先 =====
 +
 +内藤雄樹 E-mail:​y-naito(あ)dbcls.rois.ac.jp or twitter:​@meso_cacase \\
 +(あ) は @ に置換のこと
start.txt · 最終更新: 2016/05/23 06:56 by meso

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