===== 課題 =====

提出日：2015年 7月31日（金曜日）17時まで　提出場所は理学部3号館417号室

ただし、GeneSpring GXは6/30までしか使えないので注意すること。

  - total RNAを抽出後からアレイにハイブリダイゼーションするまでの実験の流れを簡潔に述べよ。
  - 各自の班のサンプルについて、mRNAからcRNAへの増幅率を見積もれ。ただし、HeLa細胞におけるtotal RNA中のmRNAの割合は1%と仮定する。
  - マイクロアレイデータのノーマライゼーションは何のために行うか説明せよ。
  - 6/12にスキャンした結果を用いて（以降の問でも同様）、mock（1班と5班の平均）対 RNA（2班）について以下のプロットを作成し、それぞれのプロット（グラフ）の縦軸、横軸の意味を説明せよ（注：グラフの軸の名称をしっかり示し、軸のスケールは適切な値を選ぶこと）。
    * MAプロット: ガイド鎖のseed（UGAACUC）と相補的な配列（GAGTTCA）が3′ UTRに存在する遺伝子を別の色でプロットせよ。
    * 累積度数曲線: ガイド鎖について、以下の2つの曲線を1枚のグラフに描画せよ。
      * 全遺伝子の曲線
      * seedと相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
  - mock（1班と5班の平均）対 RNA（2班）について、パッセンジャー鎖のseed（CAUCAAC）と相補的な配列（GTTGATG）をもつ遺伝子群においても、MAプロットと累積度数曲線を描画せよ。
  - mock（1班と5班の平均）対 2OMe3（3班）、mock（1班と5班の平均）対 2OMe5（4班）、mock（1班と5班の平均）対 2OMe7（6班）、mock（1班と5班の平均）対 LNA3（7班）、mock（1班と5班の平均）対 LNA7（8班）について、ガイド鎖とパッセンジャー鎖の累積度数曲線を作成せよ。
  - mock（1班と5班の平均）に対して、RNA（2班）、 2OMe3（3班）、2OMe5（4班）、 2OMe7（6班）、LNA3（7班）、LNA7（8班）サンプルでsiRNAが標的としているビメンチンmRNAの発現量が何%になったのかを、それぞれ求めよ。
  - 2'OMe及びLNA修飾がsiRNAの熱力学的安定性（塩基対合力）に与える影響について、述べよ。
  - 4から7の結果から読み取れること、及び考えられることを自由に述べよ。ただし、少なくとも以下の点については触れること。
    * 化学修飾したsiRNAを用いたとき、ガイド鎖、パッセンジャー鎖によるオフターゲット効果の強さは、それぞれどうなったか？


{{maplot2.png}}

**発展課題**

  - mock（1班と5班の平均）対 RNA（2班）のガイド鎖について以下の累積度数曲線を１つのグラフに描画し、seed（ガイド鎖の5'末端から数えて2から8塩基目）と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子群が最も抑制されていることを確認せよ。
    * 全遺伝子の曲線
    * ガイド鎖の5'末端から数えて1から7塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
    * ガイド鎖の5'末端から数えて2から8塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
    * ガイド鎖の5'末端から数えて3から9塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
    * ・・・・・・・
    * ガイド鎖の5'末端から数えて16から21塩基目の配列と相補的な配列が3′ UTRに存在する遺伝子の曲線
  - 上記の解析を、化学修飾siRNAサンプルでも実施せよ。

最後に、マイクロアレイ実習の感想を書いてください。